Emilija Škarnulytė travaille principalement sur le concept du temps profond, le domaine du changement extêmement lent. Explorant les problèmes de notre époque, à l´image du changement climatique, elle essaye de les analyser à travers le regard qu´aurait un futur archéologue ou géologue. La camera devient ainsi un outil archéologique qui traverse differentes strates: cosmiques, géologiques, écologiques et politiques ravers le: sa grand-mère aveugle touchant doucement la statue usée par le temps d’un dictateur soviétique; des espèces post-humaines nageant dans des tunnels sous-marins au-dessus du cercle arctique… du futur face à au monde actuel. Ses oeuvres ont souvent lieu dans des espaces uniques, tels les deserts de l’Ouest americain, du Moyen-Orient, les centrales nucléaires européennes…

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Lauréate du Future Generation Art Prize 2019, Emilija Škarnulytė a représenté la Lituanie à la XXIIe Triennale de Milan et a été inclus dans le pavillon balte de la Biennale d’architecture de Venise 2018. Avec des expositions individuelles à la Tate Modern (2021), au Kunsthaus Pasquart (2021), à Den Frie (2021), à la Galerie nationale d’art de Vilnius (2021), au CAC (2015) et au Kunstlerhaus Bethanien (2017), elle a participé à des expositions collectives au Ballroom Marfa, au Seoul Museum of Art, à la Kadist Foundation et à la première Biennale de Riga. En 2022, Emilija Škarnulytė a participé à l’exposition collective Penumbra organisée par la Fondazione In Between Art Film, à l’occasion de la 59e Biennale de Venise. Ses nombreux prix incluent le Kino der Kunst Project Award, Munich (2017) ; Spare Bank Foundation DNB Artist Award (2017), et le National Lithuanian Art Prize for Young Artists (2016)), et elle a été désignée comme candidate pour le prix Ars Fen.

Emilija Škarnulytė est la fondatrice et co-directrice du Polar Film Lab, ainsi que membre du duo artistique  New Mineral Collective.